Storskalig proteinanalys har blivit ett alltmer viktigt forskningsområde inom biomedicin under de senaste åren. Sveriges nationella forskningsinfrastruktur för proteomik, BioMS, finns idag i Lund, Göteborg och Stockholm. Brave New Business har pratat med forskaren Johan Malmström om den stora innovativa potentialen som finns inom fältet proteomik.
– Analys av proteiner har ju gjorts i många år men under de sista årtioende har det skett en stor utveckling inom området när det gäller forskning och teknisk utrustning, säger Johan Malmström professor i infektionsmedicin och föreståndare för noden vid Lunds universitet.
Proteomik, forskning om proteiner på systemnivå, har etablerat sig inom den moderna biomedicinen som ett mycket lovande forskningsområde. Med BioMS har Sverige skapat en egen nationell forskningsinfrastruktur för proteomik som startade 2016 i Lund och idag även finns i Göteborg och Stockholm. Som teknik har proteomik vuxit fram snabbt och enligt Johan Malmström är potentialen stor.
– Den tekniska utvecklingen har varit helt extrem. Nu kan man mäta alla proteiner på en gång och från en viss cell. Vi började för runt 20 års sedan och idag är vi en av de centrala teknikerna inom life sciene.
”MS” i BioMS står för masspektrometri, alltså analysmetoden som proteomik är baserat på. Masspektrometri används både för att besvara fundamentala frågor om biologiska mekanismer och för kliniska frågeställningar.
Komplexa utmaningar
Proteiner driver alla processer i kroppen. De är grundläggande för biologiska mekanismer och behandlingar av sjukdomar. Samtidigt ingår proteiner i olika proteinkomplex och variationer. Inget protein utför sin funktion ensam utan är alltid bunden till andra proteiner i ett samspel.
– Fältet där jag förväntar mig stor utveckling är variationer från proteiner. Komplexiteten är stor och där finns det mycket kvar att göra.
Ett viktigt forskningsområde för Johan Malmström och hans kollegor är att bestämma biomarkörer. Det vill säga proteiner som berättar om patienternas sjukdomsförlopp och hur de kan förväntas svara bra på en behandling. Masspektrometri på patientprover är ett effektivt sätt att leta efter sådana markörer. När de är identifierade kan man sedan utveckla enklare tester för klinisk rutin.
Enligt Malmström finns det fortfarande stor utvecklingspotential inom utvecklingen av både forskning och teknik.
– Vi kommer fortsätta se en teknisk utveckling. En målsättning är att mäta alla proteiner i lite större provserier. Det finns definitivt utvecklingsområden som är mindre utvecklade. En annan stor gren är kopplingen mellan genomik och proteomik.
Bygga upp nytt kunskapscentrum
BioMS fortsätter att utvecklas och ska som kunskapscentrum introducera och utbilda andra forskare i tekniken. Samtidigt som kurser om masspektrometri anordnas runt om i landet.
Forskningen är kostnadsintensiv och forutsätter att samla resurserna i en forskningsinfrastruktur. Särskilt masspektrummätningar är dyra och kunskapskrävande. Vetenskapsrådet hjälper till och finansierar forskningsutrustningen.
– Vi är en infrastruktur som har fått medel för att hjälpa andra forskare att fördjupa sig i denna gren av proteinforskningen. Tillsammans vill bygga upp ett nationellt kunskapscentrum över hela Sverige. Vi har noda på flera lärosäten och på så sätt försöker vi bygga upp ett kunskapsnätverk med flera forskningsgrupper runt om i landet, förklarar Johan Malmström.
Enligt honom är fokus först och främst nationellt men det finns också internationella forskare på forskningsinstitutionens advisory board. Det långsiktiga målet är att skapa synergier med motsvarande satsningar i nordiska och andra länder.